宁夏儿童福利院医务部设置于1996年，是经自治区卫生厅审批、核准登记准予执业的医疗机构。目前医务部设置床位25张，有工作人员22名，由医生、护士、医技三类专业技术人员组成，均具备相应的执业资格。设置功能区域有医疗区、医学观察室、隔离室、换药室、治疗室、计划免疫室、病案室、药房。医务部承担全区福利机构病危病重及术后儿童的医疗护理；全院儿童的医疗保健、生长发育监测、预防接种、传染病的防治；新入院孤残儿童的接收、隔离观察、残疾程度评估；“明天计划”、“宁夏爱佑养护中心”工作。多年来，医务部全体职工在院领导的带领下，团结一致，同心协力，努力提升医疗专业化管理水平，健全和规范医疗工作体系，全面提升医护人员的专业素质，逐步建立结构合理的人才梯队，用务实的理念、精湛的医术，为孤残儿童筑起健康的屏障，使孩子们茁壮成长。2018年获得自治区“工人先锋号”，2019年获得自治区“巾帼建功先进集体”。